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1. 植物本身具有：
（1）植物病原菌
有些作物的病害已被透徹研究，因此在大量繁殖時(shí)，可立即檢查出來(lái)，但有些則否，造成若有污染時(shí)，不知來(lái)源為何。
（2）和植物有關(guān)的菌類(lèi)
有修植物本身便會(huì )和一些菌種共生，或是寄生于植物內部。
2. 植物所帶入的污染：內在污染源
許多植物表面或大氣中生存的微生物，可經(jīng)由植物自然的開(kāi)口或傷口進(jìn)如植物內部，而有一些兼性腐生菌或絕對寄生菌，可藉由載體或是擁有一些侵入的機制侵入植物內部，依其存在的地方分為
1. 細胞內－inter
2. 細胞間隙－interacellular
種類(lèi)有：virus病毒、viroids類(lèi)病毒、prokarytoes原核生物、fungi真菌、柔膜綱（ex:mite）、立克次體。
3. 操作室：外在污染源
在組織大量培養下，除了植物本身外，大部分最有可能的污染來(lái)源便是來(lái)自操作室。依其可能原因分析為：
（1）空氣
在操作室中，未過(guò)濾空氣帶有大量的微生物，隨者操作人員或植株接觸時(shí)，而污染培養皿。故在國外對于操作室內空氣的清潔度分為四種等級：
ClassⅠ.沒(méi)有容易培養的微生物，和作物之主要病原菌
�、�.沒(méi)有容易培養的微生物，和作物特殊病原菌
�、�.沒(méi)有容易培養的微生物
�、�.未做檢測
（2）不完全的滅菌設備或技術(shù)
因為使用滅菌不完全的設備或是技術(shù)，而導致植株或培養皿的污染，例如：有些酵母菌，可避免酒精消毒，還有一些會(huì )產(chǎn)生內孢子，而避免火焰消毒。
（3）人員
在整個(gè)操作室內，人員可說(shuō)是最大的帶菌者，其不管在毛發(fā)或是衣服等，都隱藏屬不清的菌。在進(jìn)入操作室前，最好能將作業(yè)人員清潔處理，然后換上脫鞋，或是將塵土去掉。
（4）細縫的存在
因為若操作室有細縫的存在，則造成外果氣體直接流入，使得空氣中菌數增加。
（5）操作臺上的濾網(wǎng)不干凈
因為使用過(guò)久，或不當保養，而造成濾網(wǎng)壞掉，而產(chǎn)生更多的污染。
（6）蹣及薊馬的存在
此為珠形網(wǎng)，具有活動(dòng)能力，能到處跑來(lái)跑去。因此常造成散亂的污染。
4.栽培過(guò)程污染
在栽培室，組培瓶外和外界氣體交換時(shí)，亦會(huì )有污染進(jìn)入。污染機率取決于空氣中帶菌密度與組培瓶空氣交換率。
二、污染的種類(lèi)及形式
1. 污染的形成
依據污染的來(lái)源，可將污染分為三個(gè)形式：
a.由植物內部或病原菌所造成的污染
植物內部或病原菌所造成的污染，所呈現是系統性，及從stageo~stage4中都可發(fā)現，而且占有一定的百分比。
a. 在制造時(shí)所造成的污染
如因蹣或是空氣中的關(guān)系造成的污染，其所表現的方式是散亂（random）性非系統性，且不集中于某一地方，占的百分比也不一定，是機率性。
b. 技術(shù)上的失誤
其呈現方式有一定性，例如由此工作臺所生產(chǎn)得植株都被污染，表現為帶狀性，可用卷標方式來(lái)追蹤，以進(jìn)而改善。
2. 污染的來(lái)源分類(lèi)
A.污染的種類(lèi)，以總體來(lái)說(shuō)可分為下列幾種：
a.病毒(virus)－常存在植物內部。
b.(viroids)常存在植物內部
c.細菌－在組織培養中又分依其來(lái)源和所在地方分類(lèi)如下：
(a) phlem-eimited生長(cháng)于韌皮部
xylem-eimited生長(cháng)于木質(zhì)部
(b)植物病原細菌
(c)空氣中存在的細菌，但因植物有傷口，或是營(yíng)養豐富的地方，可分為植物表面的細菌或植物內部的細菌。
例如：Bacillus spp.可抗熱，在不完全滅菌的玻璃器皿中可發(fā)現。
(d)菌質(zhì)體
是一種像細菌的微生物，但是本身沒(méi)有細胞壁，可以在培養基培養，亦可用特殊的抗生素（四環(huán)霉素）抑制其生長(cháng)。其種類(lèi)有microplasm與spiroplasm。
(e)真菌
在植物病害中，真菌所引起的病害特別多且嚴重，且因其會(huì )產(chǎn)生孢子，所以會(huì )隨著(zhù)空氣飄散。一旦落于適當的環(huán)境下，一粒小小的孢子便會(huì )擴大成一個(gè)菌落，污染整個(gè)組織培養瓶。例如常見(jiàn)的酵母菌，其菌落為粉紅色，若有其出現，則其污染來(lái)源可能來(lái)自空氣。
(f)蹣或薊馬
此為細小的微生物，具有活動(dòng)能力，喜歡吃菌絲。在國內使用期限較久的組培場(chǎng)中常出現此問(wèn)題。
(g)立克次體
目前未清楚其污染方式。
B.以培養難易區分污染源
1. 在培養基中易培養菌類(lèi)
細菌，真菌，蹣。
2. 在培養基中不易培養的菌類(lèi)
病毒，類(lèi)病毒，立克次體，菌質(zhì)體。
在組織培養過(guò)程中，常造成污染或是造成威脅的菌類(lèi)，稱(chēng)為培養菌類(lèi)。因常為腐生菌，且營(yíng)養需求不高（隨便吃，隨便活）所以常造成成本的增加。而且污染后，常使培養基的pH值降低，洋菜無(wú)法凝結，而使植物無(wú)法生長(cháng)或是產(chǎn)生有毒物質(zhì)或副產(chǎn)品，使得植物生長(cháng)緩慢，或是干脆就在植物上生長(cháng)。在培養基上不易培養或是不能培養的菌種，就不會(huì )造成太大的威脅。
C.各種菌種其主要傳播方式
1. 病毒，類(lèi)病毒，菌質(zhì)體－常利用機械或利用有載體傳播。
2. 細菌－可經(jīng)人力，氣流或水，及昆蟲(chóng)等傳播。
3. 真菌－亦同上，但孢子可經(jīng)空氣傳播。
4. 薊馬－同上，具活動(dòng)力，自由運動(dòng)，應慎防出現。
D.依其菌落生長(cháng)出現的快慢區別
1. 可見(jiàn)的菌落在組織培養中。一些易培養的菌類(lèi)，其生長(cháng)特性為快速蔓延整個(gè)組培瓶。但此種污染可利用工作人員之視覺(jué)觀(guān)察將之偵測出來(lái)將之銷(xiāo)毀，對后代植株造成威脅不大。
2. 潛藏的菌落－在組織培養中有些不易培養或是在植物內部寄生或共生的菌類(lèi)或病原菌，在培養時(shí)沒(méi)有表現出來(lái)，但是有存在或只有很微弱的表現，但是未被察覺(jué)出來(lái)。于是便造成了對后代植株的重大威脅及成本的增加。
其污染未明顯表現出的原因有下列幾項：
a在培養基中含有抗生素，則菌類(lèi)不易生長(cháng)。.
b.在培養基中，因植物本身的汁液含有某些特殊的成分例如：?jiǎn)螌幩�，因此抑制菌�?lèi)表現。
c.培養基成分不適合其大量表現，可能因營(yíng)養需求不同。
c. 本身菌類(lèi)生長(cháng)方式不同：
例如病毒為絕對寄生菌，無(wú)法在一般培養基中培養。
E.依其植物棲息的地方分為：
1. 植物表面棲息的菌類(lèi)
如：細菌，真菌。
2. 在植物內部共生寄生的菌類(lèi)：
如：病毒，類(lèi)病毒，細菌，真菌，菌質(zhì)體。
3. 在大氣中游移的菌種
細菌，真菌，蹣。
三、污染種類(lèi)的鑒定方式
1. 針對培養難易菌種鑒定方式
A. 針對易培養的菌種：其種類(lèi)為真菌，細菌
a.就真菌而言，主要是利用顯微鏡，視其孢子形態(tài)、產(chǎn)孢結構、及菌絲有無(wú)隔膜、還有細胞壁之形成加以鑒定。目前亦有使用DNA探針加以分析。
b.就細菌而言，則是利用其特殊的生化反應，或是利用選擇性的培養基。目前亦有如用fatty acid profiling技術(shù)和商業(yè)化的test kits加以鑒定。
B不易培養的菌種，如菌質(zhì)體，病毒，類(lèi)病毒。
a.就菌質(zhì)體而言，主要是觀(guān)察其在培養基上菌落的形態(tài)。
b.病毒而言，分析其核酸的組成與例子的外形。
類(lèi)病毒因沒(méi)有套膜，以上兩種常利用其DNA有同源性而做探針偵測。
C.病原菌的偵測
利用柯霍氏法來(lái)測其病源性。而利用分子診斷，如血清、ELISA、DNA序列、核酸的探針以鑒定種類(lèi)。
2. 鑒定菌種常用的方式與應用的微生物種類(lèi)
方法 目標微生物
無(wú)種別性
指示培養 所有可培養的細菌
DNA/RNA 螢光染色法 菌質(zhì)體及有關(guān)原核生物
Leaf dip electon microscopy 長(cháng)條狀的病毒，其數目較多者亦適用
電泳 類(lèi)病毒
有種別性
ELISA 細菌及病毒
PALIAS 細菌及病毒
ISEM 病毒
DNA探針 所有微生物
快速診斷的 kits 細菌
Fatty acid profiling 細菌
3. 一般對細菌的基本測試
a.Gram stain
b.形狀
c.游動(dòng)性
d.催化酵素的測試
e.氧化酵素的測試
f.熱穩定性
g.行氧化作用或發(fā)酵作用
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