GeneDock與中國疾病預防控制中心（中國CDC）傳染病預防控制所合作開(kāi)發(fā)的微生物數據分析云平臺已于今日正式上線(xiàn)開(kāi)放（https://analysis.mypathogen.org/）。這一項目由中國疾控中心傳染病預防控制所發(fā)起，主要是為了提升傳染病領(lǐng)域大數據的利用效率，實(shí)現高通量測序技術(shù)在病原菌檢測和監測工作中的標準化應用，讓非專(zhuān)業(yè)人員也可以快速、準確、方便地開(kāi)展生物信息分析，鑒定樣本微生物的組成和基因組特征，并盡快開(kāi)展后續的深入研究和信息挖掘。
傳染病預防控制所的張?chǎng)├蠋熓沁@一項目的負責人，她談到微生物數據分析云平臺這一項目時(shí)，有她自己的理解：“大數據時(shí)代，云平臺與生命科學(xué)領(lǐng)域的結合必然會(huì )為精準醫療的發(fā)展帶來(lái)無(wú)限的可能性。目前我們更應該關(guān)注云的落地問(wèn)題，即云平臺中的大數據處理技術(shù)可以解決哪些現實(shí)的問(wèn)題。傳染病防控領(lǐng)域與人類(lèi)健康息息相關(guān)，對數據利用的時(shí)效有較高的要求，同時(shí)需要不同城市的部門(mén)和實(shí)驗室之間實(shí)現數據共享和交互，以及標準化的數據分析流程，云計算為打通這些環(huán)節提供了可能性。我們希望可以通過(guò)微生物分析平臺的建設，促進(jìn)國內疾控數據的交互，推動(dòng)高通量測序技術(shù)在國內病原菌檢測和監測工作中的有效利用�！�
對于張?chǎng)├蠋煄ьI(lǐng)的課題組來(lái)說(shuō)，微生物測序數據分析在研究中占有很重要的地位。從不同臨床渠道采集得到的樣本進(jìn)行比對，同一樣品內檢測和鑒定致病菌或其他重要細菌的種類(lèi)及比例，以及對微生物菌群內部發(fā)生的突變和變異進(jìn)行解讀，包括理解微生物的生理機制，都離不開(kāi)對基因信息的深度挖掘。在過(guò)去，這些工作需要在本地完成，耗時(shí)耗力。另外，歷史數據的管理和不同實(shí)驗室間的合作也常受到基因數據的限制。云平臺這個(gè)項目正是為了解決這些問(wèn)題而發(fā)起的。
“平臺主要向CDC系統的各級科研和衛生防疫人員提供可視化的微生物數據分析流程。我們已經(jīng)合作將微生物領(lǐng)域所需的基因數據分析流程遷移到平臺上，包括傳染病預防控制所專(zhuān)家們自主研發(fā)的最新算法和分析流程。GeneDock的基因數據云服務(wù)在底層全面支撐這些重要業(yè)務(wù)�！闭劦轿⑸飻祿治鲈破脚_的架構，GeneDock首席技術(shù)官王樂(lè )珩是這樣描述的。
在開(kāi)發(fā)微生物數據分析云服務(wù)平臺的過(guò)程中，GeneDock團隊應用了很多關(guān)鍵的數據技術(shù)。例如，在安全方面，平臺在數據傳輸和存儲過(guò)程中全面應用了數字簽名、金融級加密等工業(yè)級技術(shù)。新設計的企業(yè)級母子賬戶(hù)權限系統，能對不同用戶(hù)的海量數據進(jìn)行徹底的權限隔離，并針對不同業(yè)務(wù)需求采用個(gè)性化的授權策略。這滿(mǎn)足了科研用戶(hù)對珍貴基因數據的控制和分享需求。讓各種不同的用戶(hù)群體，分享到不同安全級別的生物信息分析流程和基因數據。再例如，在數據傳輸方面，GeneDock獨有的基因數據壓縮算法和傳輸系統大大提高了各地方CDC機構上報傳染病微生物基因數據傳輸的效率。另外，GeneDock提供了強大易用的分析流程配置工具，方便生物信息學(xué)家研發(fā)新的分析流程。
在項目首期微生物數據分析云平臺上發(fā)布了6個(gè)不同的生物信息分析流程，可實(shí)現NGS數據的質(zhì)量控制、基因預測、進(jìn)化分析、蛋白注釋等功能。平臺的web前端目前可支持至少100位用戶(hù)同時(shí)并行操作，80個(gè)分析作業(yè)的并行進(jìn)行。彈性的平臺設計支持未來(lái)對計算和存儲資源的無(wú)限擴展。
疾控中心傳染病預防控制所希望通過(guò)這一項目，可以促進(jìn)微生物研究中的跨地域、跨實(shí)驗室合作，更好地利用先進(jìn)的數據技術(shù)和強大的云端資源，從科研數據中挖掘更多的有價(jià)值信息。
“基因組數據具有先天的復雜性，而云計算技術(shù)則可以提供高性能的穩定分析工具。通過(guò)充分地分析和挖掘，我們才能使寶貴數據的價(jià)值得到真正發(fā)揮。從整個(gè)產(chǎn)業(yè)的角度來(lái)說(shuō)，數據的分析挖掘需要盡可能多的人才參與進(jìn)來(lái)�！睆�?chǎng)├蠋熣J為這就是云平臺的最大價(jià)值——降低基因數據的使用難度，人人能做生信分析。
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