Foundation Medicine展示了ctDNA檢測驗證成果
Foundation Medicine公司宣布，已驗證了循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）檢測，計劃在本季度末發(fā)布“FoundationAct”檢測試劑盒。該公司高級研究員Geoff Otto在會(huì )議報告中提到，FoundationAct將主要檢測61個(gè)基因，這些基因源自FoundationOne試劑盒中有批準療法的基于組織的300多個(gè)基因的一個(gè)子集。該檢測能鑒定出10ml血液中等位基因頻率為0.5%的突變。FoundationAct將面向那些無(wú)法進(jìn)行標準組織活檢的患者，或者組織活檢無(wú)法有效檢測的患者，例如具有多發(fā)轉移瘤的晚期患者。
公司計劃采用2x175 bp雙端（paired-end）測序，同時(shí)選用了一種分子條形碼和誘餌策略，來(lái)確保均一的覆蓋度和擴增量，檢測潛在污染。為了與臨床相關(guān)，公司希望該種檢測能夠可靠地檢測到頻率為0.5%的SNVs，以及頻率為1%的插入/缺失（indels）和拷貝數變異（CNVs），同時(shí)確保至少90%的敏感度和低于0.05%的錯誤率。一個(gè)周期時(shí)間約為10~14天。為了達到這些標準，公司需要加深測序深度，平均達到5000×的覆蓋度。
初步實(shí)驗結果證明，在提取的ctDNA至少為25ng的樣本中，90%的樣本外顯子平均覆蓋度達到5000×，超過(guò)99%的外顯子覆蓋度超過(guò)2500×，促使他們繼續研發(fā)這個(gè)檢測技術(shù)。
Otto說(shuō)，這個(gè)檢測試劑盒的一個(gè)關(guān)鍵組分就是誘餌策略，可以用來(lái)檢測污染。這個(gè)部分非常重要，因為研究人員在檢測中希望能夠極其靈敏地檢測到非常低頻的變異，但這種極度靈敏的狀況往往會(huì )導致無(wú)法正確區分低頻的變異和低水平的污染。
在研發(fā)出該檢測方法后，公司在細胞系和臨床樣本中都對其進(jìn)行了驗證。他們將該ctDNA檢測方法檢測已知變異的能力與公司已有的FoundationOne試劑盒和微滴式數字PCR的檢測能力進(jìn)行比較。在一項驗證試驗中，ctDNA檢測方法與后兩者的檢測結果完全一致，檢測到所有87個(gè)體細胞變異，其中包括47個(gè)頻率低于5%的變異。
接下來(lái)，研發(fā)團隊進(jìn)一步建立了檢測SNVs、Indels和拷貝數變異的靈敏度和陽(yáng)性預測值。對于1~40個(gè)堿基的SNVs和indels變異情況，等位基因頻率為0.5%和1%時(shí)，ctDNA檢測的靈敏度和陽(yáng)性預測值接近99%。而對于拷貝數變異，靈敏度則稍微降低為93%，陽(yáng)性預測值為98%。
NanoString公司分享新型測序試劑的細節
在上月的JP摩根健康大會(huì )上，NanoString公司表示將推出一種新試劑，該試劑將有助于公司進(jìn)入靶向測序領(lǐng)域。在今年的AGBT上，NanoString公司展出的概念驗證（POC）研究海報上詳細描述了該技術(shù)，稱(chēng)為Hyb&Seq。
基于NanoString公司特有的光學(xué)條形碼技術(shù)，Hyb&Seq技術(shù)不需要經(jīng)過(guò)酶促和擴增就可以完成測序。公司CEO Gary認為，該試劑的設計是為了確保完成一種新的測序流程，它比已有測序方法更快更簡(jiǎn)單。該技術(shù)主要針對臨床測序市場(chǎng)的目標客戶(hù)，NanoString公司的技術(shù)能夠與其他技術(shù)一樣完成靶向癌癥panels的測序工作，同時(shí)還能大大降低操作的繁瑣性和時(shí)長(cháng)。在商業(yè)方面，Gary提到，Hyb&Seq簡(jiǎn)單易操作，優(yōu)于已有技術(shù)，因此NanoString公司將主要針對臨床測序市場(chǎng)推出該產(chǎn)品。
Gary和研發(fā)部高級副總裁Beechem都提到，當公司將Hyb&Seq商業(yè)化推出后，它將能夠對包含100~1000個(gè)基因的panels進(jìn)行測序。在公司的POC研究中，Beechem和同事基于公司2015年中旬推出的一款改良nCounter Sprint分析儀，設計出了測序儀樣機。從那時(shí)起Beechem開(kāi)始著(zhù)手進(jìn)行Hyb&Seq試劑的早期研發(fā)。但是由于缺乏將此過(guò)程自動(dòng)化的儀器，公司無(wú)法得到測序準確度以及錯誤率方面的數據。研究人員表示，在POC試驗中單次單個(gè)靶點(diǎn)的測序錯誤率約為2%，而測10個(gè)靶點(diǎn)的錯誤率約為2%~4%。
然而Hyb&Seq的商業(yè)化仍然需要幾年時(shí)間。Beechem談到，這個(gè)技術(shù)的開(kāi)發(fā)將采取一種穩健的方式進(jìn)行，在這個(gè)過(guò)程中，研發(fā)人員將有條不紊的增加其復用能力，最終實(shí)現對包含100~1000個(gè)靶基因的癌癥panels進(jìn)行測序。在今年年底前，他們希望能夠利用該技術(shù)測序100個(gè)靶基因。
Beechem還提到，研究小組最早開(kāi)始POC試驗使用的是改良后的nCounter Sprint儀器，但他們計劃研發(fā)一臺專(zhuān)門(mén)使用Hyb&Seq的儀器，該儀器將包含一些Sprint儀器中的部件。
NanoString公司同時(shí)也展示了nCounter技術(shù)擴展功能的新數據，擴展后的nCounter技術(shù)能夠同時(shí)檢測蛋白、RNA和DNA。這個(gè)所謂的3D生物學(xué)方法是該公司從去年開(kāi)始就重點(diǎn)推出的，此次展示的數據首次證明該技術(shù)除了檢測RNA和蛋白外，還能用于檢測SNPs。
不同于Hyb&Seq，NanoString公司已經(jīng)開(kāi)始進(jìn)行該3D生物學(xué)方法產(chǎn)品的商業(yè)化。在JP摩根大會(huì )上，該公司宣布將計劃在今年發(fā)布3種DNA panels，3種蛋白panels，以及9種RNA panels。
RainDance公司重組，重點(diǎn)關(guān)注單細胞分析、進(jìn)行Phasing的Linked Reads
為了研發(fā)新的產(chǎn)品來(lái)拓展研究領(lǐng)域，RainDance Technologies公司進(jìn)行了重組，裁員約10%。
RainDance公司聯(lián)合創(chuàng )始人兼首席技術(shù)官Darren Link說(shuō)，他們在2015年首次公開(kāi)募股（IPO）后發(fā)展迅速，然而鑒于市場(chǎng)環(huán)境改變，他們從IPO退出，因而無(wú)法繼續雇傭大量員工。Link認為，在商業(yè)運行方面，對一個(gè)退出IPO的公司而言，公司規模已經(jīng)遠遠超出實(shí)際需求。
RainDance公司位于美國馬薩諸塞州比勒利卡，去年三月提交了一份IPO的初步募股書(shū)，希望能夠籌集6000萬(wàn)美元。然而在8月時(shí)又由于市場(chǎng)的不利條件決定停止募股。
該公司最近決定將重點(diǎn)開(kāi)發(fā)用于單細胞分析和將DNA短reads連接為長(cháng)reads以進(jìn)行phasing的新產(chǎn)品。同時(shí)，還決定將員工數從巔峰期的115人縮減到100人。
Link指出，公司整個(gè)組織機構都出現了改變，裁員首先影響的是公司的商業(yè)方面，下一步RainDance將越來(lái)越依賴(lài)于美國之外的經(jīng)銷(xiāo)商，目前已經(jīng)擁有了亞洲的經(jīng)銷(xiāo)商，同樣也將在歐洲這樣做。
技術(shù)支持和工程團隊沒(méi)有發(fā)生任何改變，因此當前客戶(hù)不會(huì )受到影響。公司仍將持續升級現有產(chǎn)品，最新的一款應用于數字PCR數據分析的軟件已在去年年底發(fā)布。雖然RainDance短期內沒(méi)有增加研發(fā)部人員的計劃，但是在今年下半年可能會(huì )進(jìn)行人員擴增。Link說(shuō)公司將持續觀(guān)望市場(chǎng)情況，并選擇恰當的時(shí)機重啟IPO。
RainDance公司已經(jīng)出售了多款產(chǎn)品，包括RainDrop數字PCR系統、以及用于下一代測序靶向富集的ThunderStorm和ThunderBolts系統。Link說(shuō)，在過(guò)去一年中數字PCR的耗材銷(xiāo)售量出現增長(cháng)，公司在過(guò)去的兩年中已經(jīng)在約20個(gè)癌癥中心出售了相關(guān)產(chǎn)品。
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