水體污染治理是水產(chǎn)養殖中最為頭疼的難題之一。眾所周知，用物理的方法(如打撈)雖可清除部分污染物，但對氨氮、亞硝酸鹽等化學(xué)污染物以及禽畜糞便等的處理難以奏效�；瘜W(xué)方法又易造成二次污染。近年來(lái)，能夠“吃”污的微生物控制污染技術(shù)逐漸受到重視，并在污水處理等領(lǐng)域得到廣泛應用。
微生物制劑對環(huán)境沒(méi)有危害，同時(shí)還能促進(jìn)生物鏈的形成。集約化高密度養殖所產(chǎn)生的魚(yú)類(lèi)排泄物以及未經(jīng)處理的養殖廢水和工業(yè)廢水污染引起病害的面積在水產(chǎn)養殖中占總養殖面積的15％～20％，這些水體氨氮濃度升高，造成水體富營(yíng)養化，反過(guò)來(lái)制約魚(yú)類(lèi)生產(chǎn)。為減少氨氮污染帶來(lái)的危害，常用的加注新水、臭氧氧化等方法不僅有很大的局限性，脫氨效果并不理想，不能從根本上解決問(wèn)題。因此，改善水產(chǎn)養殖水域環(huán)境已成為養殖業(yè)可持續發(fā)展的關(guān)鍵技術(shù)。
水產(chǎn)微生物制劑可迅速降解水體中的殘存飼料、魚(yú)類(lèi)的糞便及其它有機物，特別是清除池塘水體底部，能有效避免固體有機物和有害物質(zhì)的積累。這些藻類(lèi)為主的浮游植物所產(chǎn)生的光合作用，又為池塘中的水產(chǎn)動(dòng)物提供氧氣，從而形成池塘良性的生態(tài)循環(huán)。促使有益微生物的大量繁殖，在池塘內形成優(yōu)勢種群，可抑制病原微生物的繁殖，減少疾病的發(fā)生。
目前國內有益微生物在水產(chǎn)的應用日益被重視，國內獨立開(kāi)發(fā)的主要是一些單一菌株，如光合細菌、芽孢桿菌、蛭弧菌等；復合制劑主要是仿制或引進(jìn)國外的商品。
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