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    Nature:繪制“癌癥之王”的基因組景觀(guān)圖


    錄入時(shí)間:2015-2-27 8:28:34
       來(lái)自澳大利亞和英國的科學(xué)家們對100個(gè)胰腺癌基因組進(jìn)行了最深入的分析,并著(zhù)重介紹了可能有助于未來(lái)指導患者治療的4個(gè)亞型。這項研究發(fā)表在2月25日的《自然》(Nature)雜志上。生物通 www.ebiotrade.com 
    該研究小組利用全基因組測序揭示出了以往只測序蛋白質(zhì)編碼基因(大約1%的基因組)時(shí),無(wú)法看到的廣泛的“結構變異”模式。
    就像衛星圖像讓我們能夠整體觀(guān)望地球,并可以放大我們選擇的細節一樣,全基因組測序同樣使得我們能夠有效地查看整體及局部的DNA損傷。生物通 www.ebiotrade.com 
    像大陸塊或冰架一樣,整套染色體可以打碎自身并進(jìn)行重排。DNA片段可以脫離某條染色體,而與另一條染色體連接。一些基因可能被倒置、刪除或是發(fā)生擴增。
    通過(guò)整體查看,新研究檢測出了“穩定”、“局部重排”、“分散”和“不穩定”4種類(lèi)型的基因組重排。在某些情況下——尤其是顯示DNA修復機制缺陷的“不穩定”基因組——其自身就表明了有效的療法。生物通 www.ebiotrade.com 
    來(lái)自悉尼Garvan醫學(xué)研究所的Andrew Biankin教授以及昆士蘭大學(xué)分子生物學(xué)研究所(IMB)的Sean Grimmond教授共同領(lǐng)導了這項研究。他們與來(lái)自IMB的生物信息學(xué)家Nicola Waddell博士展開(kāi)了協(xié)作,后者負責解讀了測序的結果。
    在以往的一項研究中,該研究小組檢測了同一群100名患者的“外顯子組”(exome),展示出了復雜的突變景觀(guān)以及腫瘤間極大的異質(zhì)性。Biankin教授說(shuō):“呈現出了成千上萬(wàn)的突變基因,并且一長(cháng)串的非頻發(fā)突變基因占優(yōu)勢!鄙锿 www.ebiotrade.com 
    “最后,我們真的不得不考慮轉向全基因組測序來(lái)作為診斷標準!
    “這些患者在外科手術(shù)前均簽署了同意書(shū),我們可以追蹤他們的進(jìn)展情況,將他們的生存與接受的各種治療進(jìn)行比較!鄙锿 www.ebiotrade.com 
    “全基因組測序向我們提供了比以往更為清晰的圖像。我們能夠將分析結果反映給患者,并開(kāi)始看到了讀數、治療和結局之間更強的關(guān)聯(lián)!
    “許多不同類(lèi)型的災難性事件都可以發(fā)生在癌癥基因組中,可以慨括及籠統地將它們描述為如‘火山’、‘地震’或‘風(fēng)暴’一樣的地理事件。你永遠不會(huì )目睹兩座完全相同的火山,或是兩次完全一樣的地震——但有一些相似性可以將它們進(jìn)行分組!鄙锿 www.ebiotrade.com 
    “打比方說(shuō),當你進(jìn)行基因組測序時(shí),你可以辨別出發(fā)生的是火山、地震還是局部性風(fēng)暴!
    “當你只測序外顯子組時(shí),你或許看到了一棵倒下的樹(shù),但你并不知道造成其倒下的原因是地震、風(fēng)暴或是其他未知的因素!鄙锿 www.ebiotrade.com 
    來(lái)自該項研究的一條有希望的線(xiàn)索表明了,攜帶“不穩定”基因組的患者往往會(huì )對以鉑類(lèi)為基礎的損傷DNA的藥物,或有可能對阻止細胞修復DNA的、較新的PARP抑制劑產(chǎn)生良好的反應。
    Biankin 說(shuō):“在生物學(xué)上癌癥基因組是一種緩慢的方式受到損傷,這種受損的方式賦予了它一種生存優(yōu)勢。如果你能夠誘導比這還要多的損傷,細胞將無(wú)法以正常細胞的方式來(lái)修復自身,它將會(huì )死亡。這就是癌癥中DNA損傷劑的概念!鄙锿 www.ebiotrade.com 
    Biankin教授計劃在英國針對胰腺癌患者開(kāi)展一項臨床試驗!袄,如果我們采用一種新型的免疫療法,并且我們沒(méi)有一種生物標志物,我們將向所有患者提供這種療法,且我們將檢測他們的基因組看看哪些人對治療有反應,哪些人沒(méi)有!
    “我們擁有了從這項研究中獲得的各種基因組亞型——在某些情況下我們可以看到突變對應著(zhù)某一特定的藥物靶點(diǎn)。我們將可以選擇這組患者,測試我們認為應該會(huì )起作用的療法!鄙锿 www.ebiotrade.com 
    “我們真的需要開(kāi)展一些更小型的研究,尋找更顯著(zhù)的效應——并且如果我們失敗了,我們也失敗得快速且廉價(jià),只承擔一定程度的風(fēng)險!
    胰腺癌的中位生存期為6個(gè)月,5年生存率仍然不到5%,被醫學(xué)界譽(yù)為“癌癥之王”(延伸閱讀:Cell重大成果:構建“癌癥之王”的類(lèi)器官模型  )。迫切需要尋找一種更好的方法來(lái)選擇患者接受當前的一些治療方法,以及開(kāi)發(fā)出新的治療策略。
       

     

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