牧草品種的真假和種子質(zhì)量的優(yōu)劣直接關(guān)系到草業(yè)生產(chǎn)安全、農民增收和農（牧）區社會(huì )穩定。隨著(zhù)農牧業(yè)生產(chǎn)對優(yōu)良牧草品種需求的提高，每年進(jìn)入市場(chǎng)的育成牧草新品種數量也在快速增加，各種優(yōu)良牧草品種越來(lái)越受到青睞，種植面積越來(lái)越大。而一些不法商家在利益驅動(dòng)下，在種子生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)過(guò)程中以假亂真、以次充好，坑農害農，擾亂市場(chǎng)秩序。假冒偽劣產(chǎn)品不僅給正規繁育的良種帶來(lái)了巨大的經(jīng)濟損失，而且嚴重阻礙了牧草優(yōu)良品種的推廣，產(chǎn)生了巨大的社會(huì )負面效應，迫切需要研究制定準確可靠、快速簡(jiǎn)便的品種鑒定方法。
品種鑒定傳統上主要采用形態(tài)學(xué)方法、田間小區法以及同工酶或種子貯藏蛋白電泳法。這些方法都不同程度地存在缺陷：當親緣關(guān)系很近或雜交種子彼此形態(tài)區別很小甚至沒(méi)有區別時(shí)，依靠形態(tài)特征不能鑒別；田間小區法又受到耗時(shí)長(cháng)、費用大和占用土地等因素的限制；同工酶電泳技術(shù)能分析大量樣品，技術(shù)比較簡(jiǎn)單，但是同工酶是基因表達的直接產(chǎn)物，具有特異性，可利用的數量少，多態(tài)性少，對酶的提取要求高，常因同工酶選擇不當而得不到鑒別結果；蛋白質(zhì)電泳雖然準確性、穩定性、重復性、適用性好，但對親緣關(guān)系比較近的品種難以鑒別。
隨著(zhù)育種親本利用的集中化，品種鑒定越來(lái)越困難，傳統的方法也就越來(lái)越不適應品種鑒定和純度分析，實(shí)踐中迫切需要開(kāi)發(fā)新的檢測技術(shù)。利用分子標記技術(shù)建立的DNA指紋圖譜是鑒別品種、品系的有力工具。指紋圖譜具有高度的個(gè)體或基因型特異性，具有分辨率高、重復性好和簡(jiǎn)單快速等優(yōu)點(diǎn)。
常用的DNA指紋技術(shù)有RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR等。不同的分子標記應用價(jià)值不同，RAPD技術(shù)具有簡(jiǎn)單易行、自動(dòng)化程度高、實(shí)驗周期短的優(yōu)點(diǎn)，但對反應條件較敏感，重復性差；AFLP具有多態(tài)性高和穩定性好等優(yōu)點(diǎn)，但所需DNA模板量大，操作步驟復雜，同時(shí)還是專(zhuān)利技術(shù)。與其他標記相比，SSR標記在DNA指紋庫構建上顯示了獨特的優(yōu)越性。SSR標記數量豐富，覆蓋了整個(gè)基因組，揭示的多態(tài)性高，實(shí)驗重復性好，結果可靠性高；呈共顯性遺傳，符合孟德?tīng)栠z傳規律。雖然SSR引物的開(kāi)發(fā)費用較高，但由于其巨大的應用潛力，在一些主要農作物中，SSR引物的開(kāi)發(fā)正在進(jìn)行，為該技術(shù)在作物品種鑒定中的應用提供良好的條件。
DNA指紋圖譜在國內起步較晚但發(fā)展迅速，并在很多行業(yè)包括農業(yè)上應用十分廣泛。首先，在育種上，利用分子標記篩選和定位農作物優(yōu)良基因，加速了育種工作的進(jìn)程。其次，構建品種指紋圖譜數據庫，從分子水平上鑒別新品種是否具有特異性、一致性和穩定性。第三，品種的指紋圖譜就是該品種的"身份證",可以判斷種子的生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)活動(dòng)是否構成對某一授權品種的侵權，為種子科學(xué)管理提供技術(shù)依據。第四，應用DNA指紋技術(shù)可鑒定品種的真實(shí)性和純度。目前我國已經(jīng)對主要糧食和蔬菜的主要品種建立了標準指紋圖譜，為品種檢測提供依據。
國家《牧草種子檢驗規程》在品種鑒定中只有豌豆、黑麥草和燕麥，而且沒(méi)有品種的標準譜帶，實(shí)際中不好用。在國際上，畜牧業(yè)發(fā)達的國家如加拿大、澳大利亞、新西蘭、美國等十分重視優(yōu)良牧草品種的培育和鑒定，他們草原產(chǎn)值高出我國許多倍。我國的牧草育種家也在培育新的優(yōu)良牧草品種，但與發(fā)達國家相比，與農作物中的蔬菜糧食及畜牧業(yè)的家畜改良相比，牧草品種的研究和鑒定技術(shù)還遠遠落后。
鑒于分子標記技術(shù)在牧草育種及品種鑒定中應用的巨大潛力，在農作物DNA指紋鑒定技術(shù)的基礎上，迅速開(kāi)展牧草指紋圖譜的研究工作，建立牧草品種鑒定體系和我國主要牧草品種的DNA指紋圖譜數據庫，這對加強種子質(zhì)量標準體系建設，監測良種質(zhì)量（真偽、純度），防止偽劣種子流入市場(chǎng)，保護我國名、優(yōu)、特種質(zhì)的知識產(chǎn)權和育種家們的權益和廣大農民的利益等方面具有重要意義，放眼將來(lái)，DNA指紋圖譜的應用前景廣闊。
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