日前，哈醫大基因組中心主任劉樹(shù)林教授最近針對半封閉基因池模型，提出了界定細菌物種的3Cs標準。有關(guān)文章已經(jīng)被伯杰氏國際系統微生物學(xué)學(xué)會(huì )期刊接受，即將付印。
3Cs標準是用于細菌自然分類(lèi)的真正意義上的客觀(guān)標準，其具體內容是：close relatedness among all members of the same unit(同一物種的所有成員親緣關(guān)系密切), clear-cut genetic boundaries between highly related units of bacteria(近緣但是不同物種之間有清晰的遺傳邊界), and common biological features shared only by members of the same unit(同一物種的所有成員具有共同的生物學(xué)特性，而這些特征性的生物學(xué)特性不見(jiàn)于任何其他物種)。這三條標準的英文表述都是由英文字母C開(kāi)頭，因此叫做3Cs標準。這一科研成果是劉樹(shù)林教授團隊在20多年的沙門(mén)菌比較基因組學(xué)研究的基礎上取得的。
有了這個(gè)3Cs標準，人們就可以重新審視迄今人類(lèi)已經(jīng)通過(guò)以往的標準確定或待定的細菌物種，其最直接的社會(huì )意義是指導臨床診斷和治療。醫生們將不再困惑為什么腸沙門(mén)菌(Salmonella enterica這是目前令醫生困惑的細菌名稱(chēng))有些可引起無(wú)需治療的胃腸炎，另一些卻可引起致命的傷寒病，而清楚地知道，它們是不同的細菌物種，即引起胃腸炎的是鼠傷寒沙門(mén)菌(Salmonella typhimurium)等細菌，而引起傷寒病的是另外的物種，即傷寒沙門(mén)菌(Salmonella typhi)。
上世紀70年代以前，細菌的物種主要是根據細菌的形態(tài)、生化反應、血清學(xué)試驗等表型性狀來(lái)界定。從上世紀70年代初開(kāi)始，人們采用細菌基因組DNA雜交方法測定細菌之間的親緣關(guān)系，后來(lái)把DNA雜交率>70%作為細菌物種的界限，沿用至今。
1980年前后，美國科學(xué)家Carl Woese采用核糖體核糖核酸小亞基即16S rRNA序列比對方法研究細菌種系進(jìn)化和親緣關(guān)系，同時(shí)把16S rRNA序列相似度>97%作為細菌物種的界限。從那時(shí)起，科學(xué)家們就把這兩項指標作為定義細菌物種的金標準。這兩項指標的應用，給細菌進(jìn)化和分類(lèi)學(xué)領(lǐng)域的研究帶來(lái)了革命性的變化，其最大優(yōu)點(diǎn)是能夠客觀(guān)地反映細菌間的親緣關(guān)系。然而，由于這兩項指標都是連續性的，因此70%和97%都是人為硬性界定的，沒(méi)有真正的科學(xué)道理。此次劉樹(shù)林教授團隊提出的3Cs標準不但可明確地界定細菌的物種，而且闡明了為什么如此界定。
（來(lái)源：東北網(wǎng)）
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