12月份出版的《自然—方法學(xué)》刊登了一篇文章，描述了一種高通量RNA結構測定方法——“片段化測序”法(Fragmentation sequencing，FragSeq)。相關(guān)研究由美國加州大學(xué)圣克魯茲分�；羧A德·休斯醫學(xué)研究院教授索菲·薩拉馬(Sofie Salama)所領(lǐng)導的課題組完成。
RNA對基因表達和基因組穩定性的調控作用成為近來(lái)研究的熱點(diǎn)，而弄清RNA二級結構是理解RNA功能的第一個(gè)必要步驟。測定非編碼RNA結構的經(jīng)典方法是化學(xué)法和酶法，但是它們一次只能測定一個(gè)RNA分子，這種方法不僅費力而且對技術(shù)要求高。FragSeq法卻可以在整個(gè)轉錄組水平同時(shí)對大量RNA進(jìn)行結構測定。
該研究利用核酸酶P1將小鼠RNA進(jìn)行片段化，得到20–100-nt大小片段；之后在片段的5"-PO4和3"-OH端分別加上接頭，通過(guò)逆轉錄和PCR擴增之后，構建FragSeq文庫并對其進(jìn)行深測序。為了保證文庫片段均是由核酸酶P1剪切產(chǎn)生，薩拉馬等設置了兩個(gè)對照組：一組RNA不使用核酸酶P1處理來(lái)估算由內源降解產(chǎn)生5"-PO4基團的片段數，另一組則多加了T4連接酶處理RNA，以此來(lái)計算不產(chǎn)生5"-PO4基團的片段數。通過(guò)凝膠電泳分離出目標片段。最后薩拉馬等利用一種軟件，可以將大量測序結果格式化，使其能夠被一種RNA預測軟件讀取，進(jìn)而預測出RNA二級結構。(科學(xué)網(wǎng)任春曉/編譯)
相關(guān)方法：“片段化測序”法
完成人：索菲·薩拉馬課題組
實(shí)驗室：美國加州大學(xué)圣克魯茲分�；羧A德·休斯醫學(xué)研究院 加州大學(xué)圣克魯茲分校巴斯金工程學(xué)院生物分子科學(xué)與工程學(xué)中心 美國羅切斯特大學(xué)物理與天文學(xué)系 美國羅切斯特大學(xué)生物化學(xué)與生物物理系
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