微生物（microorganism, microbe）是一些肉眼看不見(jiàn)的微小生物的總稱(chēng)。包括屬于原核類(lèi)的細菌、放線(xiàn)菌、支原體、立克次氏體、衣原體和藍細菌（過(guò)去稱(chēng)藍藻或藍綠藻），屬于真核類(lèi)的真菌（酵母菌和霉菌）、原生動(dòng)物和顯微藻類(lèi)，以及屬于非細胞類(lèi)的病毒、類(lèi)病毒和朊病毒等。
微生物千姿百態(tài)，有些是腐敗性的，即引起食品氣味和組織結構發(fā)生不良變化。當然有些微生物是有益的，它們可用來(lái)生產(chǎn)如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒。微生物非常小，必須通過(guò)顯微鏡放大約1000 倍才能看到。比如中等大小的細菌，1000個(gè)疊加在一起只有句號那么大。想像一下一滴牛奶，每毫升腐敗的牛奶中約有5千萬(wàn)個(gè)細菌，或者講每夸脫牛奶中細菌總數約為50億。也就是一滴牛奶中可有含有50 億個(gè)細菌。
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