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Eberth(1880)及Gaffky(1884)最早發(fā)現了傷寒桿菌，Salmon和Smith(1885)有患豬霍亂的豬分離出豬霍亂桿菌，1990年為級聯(lián)豬霍亂桿菌的共同發(fā)現者美國細菌學(xué)家D.E.Salmon，因此，并本菌屬之名為沙門(mén)菌屬（Salmonella genus）。由于人類(lèi)對沙門(mén)氏菌的認識日益加深，對沙門(mén)菌屬的定義亦在不斷完善。
在《腸桿菌的定義》第4版（1986）中沙門(mén)菌屬是由符合腸桿菌科和沙門(mén)菌族（Salmonelleae)定義，能運動(dòng)的細菌所組成。產(chǎn)生H2S，甲基紅陽(yáng)性，能脫羧賴(lài)氨酸、精氨酸和鳥(niǎo)氨酸，不形成靛基質(zhì)和不水解尿素，（V-P）試驗陰性，苯丙氨酸和色氨酸不脫氨。極大多數亞種Ⅲa、Ⅲb菌株能發(fā)酵乳糖。但亞種Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ（即S.bongori，下同）的菌株不發(fā)酵乳糖。蔗糖、側金盞花醇、棉子糖不產(chǎn)酸，a-甲基葡糖苷陰性。亞種Ⅰ、Ⅱ、 Ⅴ菌株能利用衛茅醇；但亞種Ⅲa、Ⅲb和Ⅳ衛茅醇陰性。亞種Ⅲa、Ⅲb、 Ⅳ或Ⅴ菌株不發(fā)酵肌醇。
《Bergey’s鑒定細菌學(xué)手冊》第9版（1994）對沙門(mén)氏菌的描述為：沙門(mén)菌為G-直桿菌，大�。�0.7-1.5)μm× （2.0-5.0)μm，菌落直徑2-4mm。通常具有周鞭毛，能運動(dòng)，兼性厭氧，最適培養溫度37℃，發(fā)酵D-葡萄糖及其他糖類(lèi)產(chǎn)酸，通常產(chǎn)氣，氧化酶陰性，觸酶陽(yáng)性，靛基質(zhì)和V-P試驗陰性，甲基紅（MR）試驗及西蒙枸櫞酸鹽陽(yáng)性，賴(lài)氨酸和鳥(niǎo)氨 脫羧陽(yáng)性，精氨酸雙水解酶反應不定。產(chǎn)生H2S，不水解尿素，氰化鉀培養基生長(cháng)和利用丙二酸鹽不定，能還原硝酸鹽，通常發(fā)酵L-阿拉伯糖、麥芽糖、D-甘露醇、 D-甘露糖、L-鼠犁糖、D-山犁糖和D-木糖。
早期細菌的分類(lèi)主要依據細菌形態(tài)、生化和血清型特性，將沙門(mén)菌屬分類(lèi)為各種不同的血清型，1960年考夫曼根據沙門(mén)菌屬生化特性，將沙門(mén)菌屬分為4個(gè)亞屬（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ）。20世紀80年代初期，由于將噬菌體的裂解實(shí)驗和DNA相關(guān)度的研究資料應用于沙門(mén)菌屬的分類(lèi)。因此，對早先的一些細菌分類(lèi)做了必要的變更，其中包括亞利桑那菌屬由原先腸桿菌科的獨立菌屬，歸入沙門(mén)菌屬亞種Ⅲa和Ⅲb。DNA相關(guān)度研究顯示，考夫曼的4個(gè)亞屬分類(lèi)與勒密諾
的DNA群分類(lèi)相一致。之后勒密諾根據DNA分群將亞利桑那菌分為Ⅲa（單相）和Ⅲb（雙相）2個(gè)亞種，并將一些生化不典型的沙門(mén)菌按DNA相關(guān)度進(jìn)一步分為亞種Ⅵ，原先的亞種Ⅴ也升為種級分類(lèi)。因此勒密諾最終將沙門(mén)菌屬分為腸道沙門(mén)菌和邦戈爾沙門(mén)菌兩個(gè)種，并將腸道沙門(mén)菌分為6個(gè)亞種。
2007年WHO國際沙門(mén)菌協(xié)作和研究中心將懷特-考夫曼表解（K-W表解）更名為懷特-考夫曼-勒密諾表解（WKLM表解），從1934年首次公布的K-W表解僅包括44個(gè)血清型，70多年來(lái)不斷增加了大量的新的血清型，截止2007年1月出版的WKLM表解第9版已經(jīng)包括2579個(gè)血清型。
在歷史文獻中通常以所致疾病名稱(chēng)、分離菌的地名、人名、船名等多種方式表示，目前規定腸道沙門(mén)菌腸道亞種（亞種Ⅰ）給予專(zhuān)用名，并采用標本分離地址的地名等，菌名的外文第1個(gè)字母需大寫(xiě)。如：S.Typhimurium 。
邦戈爾沙門(mén)菌和腸道沙門(mén)菌的其它亞種均不給予專(zhuān)用名，只在亞種數字名（羅馬數字）后直接書(shū)寫(xiě)抗原式表示。如：S. Ⅴ66:z35:-；S. Ⅲb47：z52:1。用羅馬數字雖不易書(shū)寫(xiě)，但可避免與O抗原數字混淆。所以，理應執行WHO國際沙門(mén)菌協(xié)作和研究中心采用羅馬數字的規定。
沙門(mén)菌分類(lèi)在許多實(shí)驗室受重視程度不同，有關(guān)沙門(mén)菌實(shí)驗室分離和鑒定的許多書(shū)籍中的一些理論已經(jīng)和現在的分類(lèi)出現了分歧，許多實(shí)驗室人員對微生物分類(lèi)和命名有關(guān)的心理了解不足而造成國內有檢測能力的許多實(shí)驗室的有經(jīng)驗的技術(shù)人員沒(méi)有及時(shí)正確的報道分離的新型沙門(mén)菌血清型，事實(shí)上目前國內已經(jīng)報道的沙門(mén)菌型數遠遠落后于已經(jīng)別發(fā)現的沙門(mén)菌型數。沙門(mén)菌有個(gè)種，6個(gè)亞種的分類(lèi)模式與亞種之間的生化特性是現階段鑒別沙門(mén)菌亞種與血清型的理論，其形式并不是不變的，可能還將繼續發(fā)展和豐富，只不過(guò)在現階段全球范圍內正處于理論平衡的階段。
有關(guān)沙門(mén)菌的書(shū)寫(xiě)目前在國內沒(méi)有明確規定，所以無(wú)法詮釋?xiě)撨^(guò)不應該選側何種書(shū)寫(xiě)形式，縱觀(guān)全球范圍也沒(méi)有同意推薦的書(shū)寫(xiě)形式，但在歐洲與美國有相對統一的書(shū)寫(xiě)形式。
