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目前PCR 技術(shù)已應用于微生物檢測有三種方法：
（1）使用一套特異性的引物或一套由一個(gè)特異引物和一個(gè)普通引物所組成的引物，此種PCR 技術(shù)僅產(chǎn)生一種產(chǎn)物。
（2）用任意引物，得到一群長(cháng)短不一的DNA 片段混合物，即RAPD — PCR(隨機擴增多態(tài)DNA 分析多聚酶鏈反應技術(shù))，此方法可以鑒別出腐敗菌的種及其亞種。
（3）嵌套多聚酶鏈反應技術(shù)，由于某些微生物會(huì )對PCR 產(chǎn)生干擾，研究者對PCR 技術(shù)做了進(jìn)一步的開(kāi)發(fā)，這就是嵌套多聚酶鏈反應技術(shù)的應用。該技術(shù)區別于以上兩種方法的機理在于操作中需要兩套引物，第一套用于產(chǎn)生擴增的D N A 片段，此片段中含有第二輪PCR 引物的結合位點(diǎn)，第一輪反應產(chǎn)物被等分轉入第二輪P C R 引物，擴增靶D N A。
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