原生動(dòng)物是無(wú)性繁殖的，不需要交配或性細胞器官。對大多數自由生活的物種而言，無(wú)性繁殖通過(guò)二分裂過(guò)程實(shí)現，即每次繁殖都是由一個(gè)母細胞分裂為兩個(gè)完全相同的子細胞。包括寄生物種在內的鞭毛蟲(chóng)都是縱向分裂的；而纖毛蟲(chóng)的分裂通常則是橫向的，并且在細胞質(zhì)分裂前其口部已經(jīng)先分裂了；根足門(mén)、輻足門(mén)和粒網(wǎng)門(mén)的生物通常則沒(méi)有固定的分裂方式。有殼物種的分裂由于需要復制其骨骼結構，因此過(guò)程更加復雜。變形蟲(chóng)的有殼物種――如沙殼蟲(chóng)――將被分入子細胞的細胞質(zhì)從母細胞外殼的小孔中擠出來(lái)，細胞質(zhì)中預先形成的薄片就包裹在擠出的細胞質(zhì)周?chē)�，形成新的殼質(zhì)；這樣就完成了整個(gè)分裂過(guò)程并形成兩個(gè)單獨的變形蟲(chóng)。
大多數自由生活的物種一般都在有利于無(wú)性繁殖的環(huán)境中生存。有性繁殖通常只是它們在不利環(huán)境中的一種手段而已，如當水生介質(zhì)的枯竭導致普通細胞無(wú)法生存的時(shí)候。在變形蟲(chóng)和鞭毛蟲(chóng)中，只有有限物種具有性繁殖的能力；有的物種在其進(jìn)化史中可能從未行有性繁殖，而其他物種則可能已經(jīng)喪失了交配能力。原生動(dòng)物的有性繁殖既包括同配生殖（性細胞或配子相似），也包括更高級的異配生殖（性細胞或配子不同）。 有孔蟲(chóng)是自由生活的物種中少見(jiàn)的同時(shí)具有無(wú)性和有性繁殖后代的物種，它們的每個(gè)生物體通過(guò)無(wú)性繁殖產(chǎn)生許多變形蟲(chóng)狀的生物體，這些生物體能分泌出圍繞在其周?chē)臍べ|(zhì)。當它們發(fā)育成熟時(shí)，又將許多同樣的配子釋放到海洋中；這些配子彼此成對結合，分泌出殼質(zhì)并發(fā)育成熟，又重復上述過(guò)程。
幾乎所有的纖毛蟲(chóng)都能進(jìn)行有性繁殖，這個(gè)過(guò)程稱(chēng)為配對，但這種方式不能形成其數量的立即增加。配對有助于不同個(gè)體間遺傳物質(zhì)的交換。
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