（一）常用的分子生物學(xué)技術(shù)

1.核酸雜交  常用的雜交技術(shù)有：斑點(diǎn)雜交、southern印跡、原位雜交、Northern印跡等。探針的種類(lèi)有全染色體DNA探針、染色體克隆片段DNA探針、質(zhì)粒DNA探針、rRNA基因探針、寡核苷酸探針等。

2.核酸擴增技術(shù)  核酸擴增技術(shù)是分子生物學(xué)中最具有重大意義的技術(shù)之一。對核酸進(jìn)行擴增的方法很多，如聚合酶鏈反應（polymerase chain reaction ,PCR）、連接酶鏈反應、自保留序列擴增及Q-beta擴增等。以聚合酶鏈反應最為廣泛應用。

PCR技術(shù)在細菌的快速檢測、細菌的毒素基因檢測、細菌的耐藥性檢測及感染細菌的流行病學(xué)調查中得到日益廣泛的應用。

生物芯片是新近發(fā)展的一項對基因、蛋白質(zhì)、細胞及其他生物組分進(jìn)行大信息量分析的檢測技術(shù)。常用的有基因芯片（gene chips）和蛋白芯片(protein chips)。目前正在研制和評價(jià)中。

（二）鑒定感染細菌種屬的方法

1.細菌種屬的鑒定

DNA堿基組成的測定  G+C mol%含量不同的細菌，為不同種細菌；含量相同的可能為不同種的細菌。細菌的G+C mol%相當穩定，不受培養條件、菌齡和其他外界因素影響。最常用的方法是熱變性法。

DNA-DNA雜交  DNA雜交可得出DNA之間核苷酸順序的互補程度，從而推斷不同細菌基因組間的同源性。

16S rRNA同源性分析  rRNA-DNA雜交、16S rRNA序列測定、16S-23S rRNA序列測定

此外限制性?xún)惹忻搁L(cháng)度多態(tài)性分析（RFLP）、脈沖場(chǎng)凝膠電泳（PFGE）、隨機引物擴增法（RAPD）等技術(shù)常用于菌株間的差異比較。

2.細菌種屬特異基因

某些基因為細菌種特有或屬共有，通過(guò)對這些基因的檢測可以鑒定細菌的種或屬。如編碼吸附和侵襲上皮細胞表面蛋白的inv基因：invA、invB、invC、invD、invE等是一組只存在于致病性沙門(mén)菌中的獨特的保守基因序列。鞭毛蛋白dlh基因通常只存在于傷寒沙門(mén)菌；IS6110、IS986插入片段為結核分枝桿菌復合群所擁有等。

3.細菌毒力基因

可以測定霍亂弧菌的霍亂毒素基因、產(chǎn)腸毒素大腸埃希菌的耐熱（ST）和不耐熱腸毒素（LT）以及白喉棒狀桿菌的外毒素基因以示相應的細菌存在。

（三）細菌耐藥性的分子生物學(xué)檢測

1.β內酰胺類(lèi)抗生素的耐藥基因

青霉素結合蛋白（PBP）基因  耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌是由mec A基因介導的耐藥，肺炎鏈球菌對青霉素耐藥是由于PBP基因突變而致。

革蘭陰性菌產(chǎn)生的β內酰胺酶  由質(zhì)粒介導的β內酰胺酶種類(lèi)繁多，可以用PCR或基因探針的方法檢測和分類(lèi)，如TEM、SHV、OXA、ROB型等。

2.糖肽類(lèi)抗生素耐藥基因  腸球菌對糖肽類(lèi)抗生素的耐藥基因由Van A、Van B、Van C等介導，測定這些基因可以預測對萬(wàn)古霉素和壁霉素的耐藥性。

3.大環(huán)內酯類(lèi)抗生素耐藥基因  紅霉素甲基酶erm基因、大環(huán)內酯類(lèi)泵出基因mef A、mef E、msr A等基因參與了紅霉素的耐藥。

4.喹喏酮類(lèi)抗生素耐藥基因  喹喏酮類(lèi)抗生素的主要耐藥機制是由于螺旋酶和拓撲酶的突變，常與gyr和par基因突變有關(guān)。

5.分枝桿菌耐藥基因  對利福平的耐藥與rpoB變異有關(guān)，對異煙肼的耐藥與kat  G和inh A有關(guān)。

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