大腸桿菌基因型及遺傳符號說(shuō)明（1）

        一般大腸桿菌擁有4288條基因，每條基因的長(cháng)度約為950bp,基因間的平均間隔為118bp（基因Ⅷ）。E.coli基因組中還包含有許多插入序列，如λ-噬菌體片段和一些其他特殊組份的片段，這些插入的片段都是由基因的水平轉移和基因重組而形成的，由此表明了基因組具有它的可塑造性。

         利用大腸桿菌基因組的這種特性對其進(jìn)行改造，使其中的某些基因發(fā)生突變或缺失，從而給大腸桿菌帶來(lái)可以觀(guān)察到的變化，這種能觀(guān)察到的特征叫做大腸桿菌的表現型 （Phenotype），把引起這種變化的基因構成叫做大腸桿菌的基因型（Genotype）。具有不同基因型的菌株表現出不同的特性。

       分子克隆中常用的大腸桿菌及其遺傳標記按Demerec等1966年提出的命名原則，采用的菌株所有的基因都假定處于野生型狀態(tài)，除非在基因型上另外注明。

 

 

1、根據基因產(chǎn)物或其作用產(chǎn)物的英文名稱(chēng)的第一個(gè)字母縮寫(xiě)成 3個(gè)小寫(xiě)斜體字母來(lái)表示。例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一個(gè)突變所產(chǎn)生的表型變化可能相同，其表示方法是在 3個(gè)小寫(xiě)斜體字母后加上一個(gè)斜體大寫(xiě)字母來(lái)表示區別。例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突變位點(diǎn)應通過(guò)在突變基因符號后加不同數字表示。如 supE44（sup基因座E的44位突變）。如果不知道幾個(gè)等位基因中哪一 /幾個(gè)發(fā)生了功能性突變，則用連字符“ -”代替大寫(xiě)字母，如 trp-31。

4、細菌的基因型中應該包含關(guān)于其攜帶的質(zhì)�；蚋郊芋w的的信息。這些符號包括菌株攜帶的質(zhì)�；蚋郊芋w、質(zhì)�；蚋郊芋w上的突變基因座和突變位點(diǎn)。其基因符號應與基因座的表示符號明顯區別，符號的第一個(gè)字母大寫(xiě)、不斜體并位于括號內；質(zhì)�；蚋郊芋w上的突變基因座和突變位點(diǎn)的基因符號的表示方法與染色體上突變基因座、突變位點(diǎn)的符號相同。

5、對于攜帶附加體的菌株的完整基因型描述應包括附加體的狀態(tài)（游離或整合）。以 F因子為例，F-:F因子缺失； F+:自主性 F因子，不攜帶任何遺傳可識別染色體片段； F':攜帶有遺傳可識別細菌染色體片段的自主性 F因子；Hfr:整合到染色體上的 F因子（ high frequency of recombination）。當這些質(zhì)�；蚴删�體片段變異或缺失時(shí)，用（）“或 ”/“等以區別。例如：/F' [traD36、proAB、lac I q、lacZ.  M15]

6、某個(gè)基因或某個(gè)領(lǐng)域缺失時(shí)，在其基因型前面加上“ ”表示。例如： lac-proAB基因缺失時(shí)它的基因型表示為 （lac-proAB）。

7、由于某種基因的變異導致大腸桿菌可以明顯觀(guān)察到特征變化，有時(shí)也用其表現型代替基因型進(jìn)行表示。例如：某些抗藥性的獲得或喪失，用如下方式表示： Streptomycin抗性→Str ⁺或 Str ^r，Ampicillin敏感性→ Amp^-。（第一個(gè)字母要大寫(xiě) ，“+”或“r”表示有抗性 ，“-”表示無(wú)抗性或敏感）。

8、根據某些特異性蛋白的變異及其導致的結果變化進(jìn)行表示。例如：TH2菌株上有一種基因型表示如下：hsdS20 （rB-、mB-），其中 S20代表特異性識別蛋白發(fā)生變異，（）中的 rB-、mB-表示由于 S20的變異而導致 B株來(lái)源的 hsdR和 hsdM的功能缺失。

9、蛋白質(zhì)的名稱(chēng)與對應的基因或等位基因相同，但不用斜體，且首字母大寫(xiě)，如， UvrA、 UvrB。