目前國際上公認和普遍采用的細菌分類(lèi)系統是伯杰氏分類(lèi)系統!霸松铩毕到y是近年來(lái)根據16rsRNA序列同源性建立的系統發(fā)育體系。另外還有一些以應用為目的的分類(lèi)系統,如Prevot分類(lèi)系統以生理特征為依據,應用于厭氧細菌;以醫學(xué)細菌鑒定為目的的《醫學(xué)細菌鑒定手冊》。
伯杰氏細菌鑒定手冊是本分類(lèi)系統的標準指南,由美國細菌學(xué)家協(xié)會(huì )(現在的美國微生物學(xué)會(huì ))發(fā)起編寫(xiě),最初指定伯杰作為編委會(huì )主席,并在1923年出版了手冊的第1版,定名為《伯杰氏鑒定細菌學(xué)手冊》。隨著(zhù)細菌分類(lèi)學(xué)研究的深入和發(fā)展,相繼在1925,1930,1934,1939
1974和1994年出版了第2至9版。經(jīng)過(guò)幾十年的修訂和補充使得該手冊被國際上的細菌學(xué)家普遍接受和采用。
1984年至1989年陸續出版的4卷《伯杰 氏系統細菌學(xué)手冊》,在著(zhù)重于表觀(guān)特征描述的基礎上,結合化學(xué)分類(lèi)、數值分類(lèi),特別是DNA相關(guān)性分析,以及16SrRNA寡核苷酸序列分析在生物種群間的親緣關(guān)系研究中的應用,對細菌作了詳細的闡述,體現了細菌分類(lèi)的研究從表觀(guān)向系統發(fā)育體系的發(fā)展。除此以外,還附有每個(gè)菌群的生態(tài)、分離、保藏及鑒定方法。手冊主要依據表型將細菌劃分為35群,所包含的菌群中除了1980年發(fā)表的《批準的細菌名稱(chēng) 目錄》的屬外,還包括了目前還未生效的種群,甚至一些沒(méi)有正式分類(lèi)命名的如與昆蟲(chóng)共生的不可培養的細菌,目的是激發(fā)細菌學(xué)家注意研究這些被忽視的種群。該手冊將所有細菌歸屬于原核生物界,并根據季伯斯等人提出的細菌高級分類(lèi)單位的建議,將細菌分為4個(gè)門(mén):
(1)薄壁菌門(mén)
暗細菌綱
不產(chǎn)氧光合細菌綱
產(chǎn)氧光合細菌綱
(2)厚壁菌門(mén)
厚壁菌綱
放線(xiàn)菌綱
(3)軟壁菌門(mén)
柔膜菌綱
(4)疵壁菌門(mén)
古細菌綱
該手冊分4卷,第一卷關(guān)于一般醫學(xué)或工業(yè)上重要的革蘭氏陰性細菌(11群 ),第二卷關(guān)于除放線(xiàn)菌外的革蘭氏陽(yáng)性細菌(8 群),第三卷關(guān)于古生菌、藍細菌和其他革蘭氏陰性細菌(8 群),第四卷關(guān)于放線(xiàn)菌(8 群)。
1994年出版的《伯杰 氏鑒定細菌學(xué)手冊》第9版幾乎是《伯杰 氏系統細菌學(xué)手冊》的縮寫(xiě)版,除了對細菌各屬關(guān)鍵表觀(guān)特征的描述外,屬內各種的鑒定特征以表格的形式出現。這對于鑒定工作十分方便。鑒定手冊共包括35群細菌,群的劃分根據表觀(guān)特征如形態(tài)、生理和營(yíng)養類(lèi)型。
據悉將要出版的《伯杰氏系統細菌學(xué)手冊》第2版將分為5卷,其分類(lèi)體系按16SrRNA的系統發(fā)育關(guān)系進(jìn)行編排。第2版將原核生物分為30組。5卷的內容大致安排如下:
第一卷:1—14組,包括古生菌、藍細菌、光合細菌和最早分支的屬;
第二卷:15—19組,包括變形桿菌(屬G-真細菌類(lèi));
第三卷:20—22組,包括低G+C含量的G+細菌;
第四卷:23組,包括高G+C含量的G+細菌(放線(xiàn)菌類(lèi) );
第五卷:24—30組,包括浮霉狀菌、螺旋體、絲桿菌和梭桿菌。
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