近年來(lái)，隨著(zhù)基因序列資料的豐富，有些學(xué)者建議，把DNA同源性的大小作為劃分種的依據，把DNA同源性雜交在60%—70%以上，或者16rsRNA序列同源性達97%以上的菌株定為一個(gè)種。這一定種標準雖然有其科學(xué)性，但在微生物分類(lèi)中，目前仍難以普遍采用。
在種以下還可分為亞種、變種、菌株和型等。
亞種是分類(lèi)單位中最低的分類(lèi)等級。變種是亞種的同義詞，因易引起詞義上的混淆，自 1976年以后種的亞等級改為使用亞種，而不再使用變種。
亞種：我們從自然界中分離得到的某一微生物的純種，必須與文獻上記載的典型種的特征完全一致，才能鑒定為同一個(gè)種。實(shí)際上有時(shí)分離到的純種，除了大多數指標符合典型種的特征外，還有某一個(gè)顯然不同的特征，而此特征又是穩定的。我們就把這種微生物稱(chēng)為典型種的“亞種”。巨大芽孢桿菌是以巴氏1884年原始報告為標準。1953年有人從土壤中分離到一株分解有機磷能力很強的巨大芽孢桿菌，而且性狀穩定，因此將它稱(chēng)為巨大芽孢桿菌亞種，稱(chēng)之為巨大芽孢桿菌解磷亞種。
型：在自然界中，同一地區也可能有同一種微生物的各種類(lèi)型同時(shí)存在著(zhù)。它們彼此之間的區別往往不像亞種那樣顯著(zhù)，一般往往表現在菌體的化學(xué)組分（抗原等結構上），如傷寒桿菌應用噬菌體反應可分為20多個(gè)型；結核分枝桿菌依其寄主的不同，可分為人型、牛型和禽型。
型常用于亞種以下的細分。
菌株或品系：“菌株”這個(gè)名稱(chēng)在實(shí)際中應用很廣。它是指來(lái)源不 同的同一個(gè)種的純培養物。由于世界上不存在兩個(gè)絕對相同的個(gè)體，因而從自然界中分離到的微生物純培養物，盡管它們同屬一個(gè)種，但由于來(lái)源不 同，總會(huì )表現出細微的差異。為了表現出這些細微的差異和工作方便，我們就采用菌株或品系這個(gè)名稱(chēng)來(lái)代表某個(gè)具體的微生物純培養物。這樣，從自然界中分離到的每一個(gè)微生物純培養物都可以稱(chēng)為一個(gè)菌株或品系。
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