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在廢棄物的好氧生物降解系統中，起主要作用的是細菌、真菌、藻類(lèi)和原生動(dòng)物，還可能存在一些后生動(dòng)物。影響微生物群組成的主要因素是廢棄物的種類(lèi)和處理條件，例如，處理城市污水和化工廠(chǎng)污水的微生物群會(huì )有顯著(zhù)的差別；廢棄物處理的環(huán)境條件，如：溫度、pH等也會(huì )對微生物的種類(lèi)和分布產(chǎn)生影響。另外，反應器形式對微生物群的構成也有影響，如用普通的曝氣池和形成生物膜的反應器處理同樣的廢水，由于氧傳遞的差別會(huì )形成不同的微生物群。
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